Quy Nhơn được hình thành từ rất sớm thuộc vùng đất đàng trong xứ Thuận Quảng: cách đây trên 400 năm đã xuất hiện phủ Quy Nhơn. Do vị trí địa lý, điều kiện tự nhiên, xã hội và tác động của sự phát triển nền công nghiệp phương Tây vào thế kỷ 19 làm cho diện mạo Quy Nhơn có nhiều thay đổi. Ngày 20/10/1898, vua Thành Thái ra Chỉ dụ thành lập thị xã Quy Nhơn, đô thị tỉnh lỵ, là một trong những đô thị có hoạt động thương mại với nước ngoài khá sầm uất lúc bây giờ.
Trước thế kỷ X, nơi đây là vùng đất của cư dân cổ thuộc nền văn hóa Sa Huỳnh và Đông Sơn nổi tiếng và sau đó là đất đế đô của Vương quốc Chăm pa. Theo dòng biến đổi của lịch sử, năm 1471 vua Lê Thánh Tông đã cho thành lập phủ Hoài Nhơn bao gồm ba huyện: Bồng Sơn, Phù Ly và Tuy Viễn. Từ đó trở đi, đây là nơi gặp gỡ nhiều thời kỳ di dân của người Việt theo chân các chúa Nguyễn đi mở mang, khai phá bờ cõi và tụ cư sinh sống ở phía Nam, trong đó vùng đất của thành phố Quy Nhơn ngày nay, người Việt cũng đã đến định cư, lập nên các làng Chánh Thành, Cẩm Thượng, Hưng Thạnh, Xuân Quang, Quy Hòa…và thành lập thôn Vĩnh Khánh có địa giới giáp đến chân núi Cù Mông. Đến năm 1602, cách đây 406 năm, lần đầu tiên trong lịch sử, địa danh Quy Nhơn xuất hiện khi chúa Nguyễn Hoàng đổi tên phủ Hoài Nhơn thành phủ Quy Nhơn và coi đây là đơn vị hành chính cấp tỉnh.
Tên gọi mới này có ý nghĩa mong muốn quy tụ về đây những con người hiền tài, nhân nghĩa. Qua 5 lần thay đổi tên gọi khác nhau, năm 1832 vua Minh Mạng đã đổi tên phủ Quy Nhơn thành tỉnh Bình Định cho đến ngày nay. Ngày 20 tháng 10 năm 1898, Viện Cơ mật Triều đình Huế trình vua Thành Thái ra Chỉ dụ thành lập thị xã Quy Nhơn. Như vậy, thành phố Quy Nhơn ngày nay đã có hơn 110 năm với tư cách là đô thị tỉnh lỵ – trung tâm chính trị, kinh tế, văn hóa, khoa học kỹ thuật của tỉnh Bình Định.
Vào đầu thế kỷ XX, nhiều công trình mới được mọc lên như: trường học, bệnh viện, khách sạn, công sở, nhà hát, toà giám mục, hệ thống giao thông đường sắt, nhà ga… Do đó, trong 3 thập niên đầu của thế kỷ XX, Quy Nhơn nhanh chóng được đô thị hóa và trở thành một đô thị lớn ở khu vực. Ngày 30/4/1930, toàn quyền Đông Dương Pas-ki-ơ đã ra Nghị định nâng cấp thị xã Quy Nhơn lên thành phố cấp 3. Đây là một trong những đô thị ở nước ta thời bấy giờ đạt tiêu chuẩn cả về phương diện hành chính lẫn kinh tế, văn hóa.
Sau Cách mạng Tháng Tám 1945, ngày 03/9/1945 Quy Nhơn được tổ chức theo quy chế thị xã, lấy tên là thị xã Nguyễn Huệ. Trong cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp Quy Nhơn là hậu phương của chiến trường Khu V và Tây Nguyên. Năm 1954 Quy Nhơn đã từng là điểm tập kết 300 ngày đêm, tiễn đưa bộ đội, cán bộ thuộc nhiều vùng ở miền Nam và con em của mình tập kết ra miền Bắc; là nơi bàn giao cuối cùng giữa ta và Pháp. Thời kỳ 1954 – 1975, Quy Nhơn thuộc quyền kiểm soát của chính quyền Việt Nam Cộng hòa. Ngày 30/9/1970, Thủ tướng Việt Nam Cộng hòa ra Sắc lệnh thành lập thị xã Quy Nhơn từ xã Quy Nhơn thuộc quận Tuy Phước và các phần đất phụ cận (ngoại vi xã Phước Hậu, Phước Hải, Phước Lý), hình thành 2 quận là Nhơn Bình và Nhơn Định.
Sau ngày đất nước thống nhất, tháng 02/1976 hai tỉnh Bình Định và Quảng Ngãi hợp nhất thành Nghĩa Bình, thị xã Quy Nhơn trở thành tỉnh lỵ tỉnh Nghĩa Bình. Ngày 18/6/1986 Hội đồng Bộ trưởng đã ra quyết định mở rộng và nâng cấp Thị xã lên Thành phố thuộc tỉnh, khi đó thành phố Quy Nhơn có 8 phường, 7 xã, với diện tích 212 km² và dân số 174.076 người. Năm 1989, tỉnh Bình Định được tái lập, lấy thành phố Quy Nhơn làm tỉnh lỵ.
Ngày 4/7/1998, thành phố Quy Nhơn được Thủ tướng Chính phủ công nhận là đô thị loại II theo Quyết định số 558/QĐ-TTG.
Ngày 25/01/2010, thành phố Quy Nhơn được Thủ tướng Chính phủ công nhận là đô thị loại I trực thuộc tỉnh Bình Định theo Quyết định số 159/QĐ-TTG
Nguồn: Website Ủy ban Nhân dân thành phố Quy Nhơn